垂直管理的部门主要包括：国家税务局：负责税收征收管理工作。生态资源局（原环保局）：负责环境保护和自然资源管理。住房公积金经办中心：负责住房公积金的管理。海关总局：负责进出口货物的监管和关税征收。国家气象局：负责气象监测、预报和信息服务。国家安全系统：涉及国家安全相关的情报收集和反间谍活动。国家金融系
